本校於民國 50 年 8 月 1 日，奉准設立三股國民學校十份分校。借十份村中山堂以一、二年級複式教學。並於民國 53 年 8 月 1 日，獨立為臺南縣建功國民學校，校地約 0.8519 公頃。教室六間，班級六班，當時學生約 180 人。
民國 53 年 9 月 8 日由周泉先生擔任第一任校長。民國 57 年 8 月 1 日，政府實施九年國民義務教育，奉令易名為「臺南縣建功國民小學」。期間歷經第二任校長陳溪埔，第三任校長方恩、第四任校長黃佛助、第五任校長許三佳、和第六任校長楊川榮完成國旗台落成使用、司令台修建完成、操場整建、鋪設紅粉跑道及自動噴水設施、購置圖書、改善飲水設施、午餐餐廳新建完成等工程與設備。
民國 84 年 8 月 1 日，由第七任校長胡振嘉，進行面積 12,776 平方公尺之校地徵收，同時進行興建綜合球場、擋土牆及東棟新建教室一期、第二期工程及前庭造景完工。後繼第八任校長黃泰記完成後續工程與師生車棚新建。並於 93 年舉行四十週年校慶成立黑皮館、與天下雜誌基金會合作推行希望閱讀活動及和台南大學締結策略聯盟合作學校。
民國 94 年 8 月 1 日，本校由王聰敏先生為第九任校長，並隨臺南市升格直轄市於民國 99 年 12 月 25 日改制為臺南市七股區建功國民小學。民國 101 年 8 月 1 日由陳凱祥先生擔任第十任校長並於 103 年 3 月日舉行五十週年校慶。民國 104 年 8 月 1 日由王琬婷女士擔任本校第十一任校長，期間完成新建北棟教室、東棟教室耐震補強等工程。民國 112 年 8 月 1 日由黃郁雯女士擔任本校第十二任校長至今。